Prawa i obowiązki przedsiębiorcy w trakcie kontroli podatkowej

Krótka odpowiedź: przedsiębiorca ma obowiązek udostępnić dokumenty związane z zakresem kontroli i umożliwić kontrolującym przeprowadzenie niezbędnych czynności. Nie oznacza to jednak, że urząd może żądać dowolnych informacji albo prowadzić kontrolę bez ograniczeń. Firma ma prawo uczestniczyć w czynnościach, korzystać z pełnomocnika, składać dowody i pilnować zakresu oraz czasu kontroli.

Stan prawny: lipiec 2026 r.

Od czego zaczyna się kontrola podatkowa?

Kontrola podatkowa rozpoczyna się co do zasady przez doręczenie imiennego upoważnienia oraz okazanie legitymacji służbowej. W spółce dokumenty mogą zostać przedstawione członkowi zarządu albo innej osobie uprawnionej do reprezentowania podmiotu lub prowadzenia jego spraw.

Upoważnienie powinno określać między innymi:

• organ przeprowadzający kontrolę;
• dane kontrolujących;
• nazwę kontrolowanego przedsiębiorcy;
• zakres kontroli;
• datę rozpoczęcia;
• przewidywany termin zakończenia;
• pouczenie o prawach i obowiązkach.

Dokument niespełniający ustawowych wymagań nie stanowi podstawy przeprowadzenia kontroli. Co równie istotne, zakres wykonywanych czynności nie może wykraczać poza zakres wskazany w upoważnieniu.

Przykład: upoważnienie dotyczy prawidłowości rozliczenia VAT za trzy miesiące 2025 r. Organ może badać dokumenty związane z tym okresem i podatkiem. Nie powinien przy okazji prowadzić nieograniczonej analizy kosztów CIT za kilka wcześniejszych lat bez odpowiedniego rozszerzenia zakresu kontroli.

Przedsiębiorca powinien już w pierwszym dniu porównać upoważnienie z wcześniejszym zawiadomieniem i założyć własny rejestr żądań, terminów oraz przekazywanych dokumentów.

Czy przedsiębiorca może uczestniczyć w kontroli?

Czynności kontrolne powinny odbywać się w obecności kontrolowanego, jego reprezentanta albo pełnomocnika. Przedsiębiorca może zrezygnować z udziału, ale takie oświadczenie składa się na piśmie.

W przypadku nieobecności przedsiębiorca powinien ustanowić pełnomocnika, jeżeli nie ma już pełnomocnika ogólnego lub szczególnego. Nieobecność prezesa albo właściciela firmy nie jest skuteczną metodą zatrzymania kontroli. Może natomiast utrudnić bieżące reagowanie na żądania urzędu i doprowadzić do zawieszenia kontroli, jeżeli kontrolujący nie uzyskają dostępu do potrzebnej dokumentacji.

Udział w kontroli pozwala przedsiębiorcy lub pełnomocnikowi:

• wiedzieć, jakie czynności wykonuje organ;
• przedstawiać wyjaśnienia i dokumenty;
• zgłaszać wnioski dowodowe;
• reagować na przekroczenie zakresu kontroli;
• uczestniczyć w przesłuchaniach świadków i oględzinach.

O terminie przesłuchania świadka lub przeprowadzenia dowodu z opinii biegłego kontrolowany powinien zostać zawiadomiony przynajmniej trzy dni wcześniej. O oględzinach może zostać poinformowany bezpośrednio przed ich rozpoczęciem.

W praktyce warto wyznaczyć jedną osobę do kontaktu z kontrolującymi. Równoległe udzielanie odpowiedzi przez prezesa, księgową, dyrektora finansowego i pracowników zwiększa ryzyko powstania sprzeczności.

Jakich dokumentów może żądać urząd?

Kontrolujący mogą żądać akt, ksiąg i innych dokumentów związanych z przedmiotem kontroli. Mogą sporządzać kopie, wyciągi i wydruki oraz pobierać dane w postaci elektronicznej. Mają również prawo przeprowadzać oględziny, spis z natury, przesłuchiwać świadków i zasięgać opinii biegłych.

Najważniejsze ograniczenie brzmi: dokument musi pozostawać w związku z zakresem kontroli.

Jeżeli urząd bada trzy faktury za usługi doradcze, może oczekiwać nie tylko faktur i przelewów, ale także umów, raportów, korespondencji, protokołów odbioru oraz informacji o osobach uczestniczących w realizacji usług. Nie oznacza to jednak automatycznie prawa do otrzymania całej skrzynki e-mailowej zarządu lub pełnej dokumentacji wszystkich kontrahentów.

Przed przekazaniem materiału należy:

1. ustalić, którego punktu wezwania dotyczy
2. sprawdzić jego kompletność
3. zachować identyczną kopię
4. sporządzić listę przekazanych dokumentów
5. opisać, jaką okoliczność potwierdza dany załącznik.

Kontrolujący mogą zażądać wydania dokumentów na czas kontroli, za pokwitowaniem, między innymi gdy istnieje uzasadnione podejrzenie ich nierzetelności albo firma nie zapewnia warunków do ich badania.

Jakie obowiązki ma kontrolowany przedsiębiorca?

Przedsiębiorca, jego pracownicy i osoby współpracujące mają obowiązek umożliwić wykonywanie zgodnych z prawem czynności kontrolnych.

Kontrolowany powinien w szczególności:

• udzielać wyjaśnień dotyczących przedmiotu kontroli;
• dostarczać żądane dokumenty;
• zapewnić dostęp do ksiąg;
• przekazywać elektroniczne dane z ksiąg prowadzonych komputerowo;
• przedstawić na żądanie tłumaczenie dokumentów obcojęzycznych;
• umożliwić oględziny, fotografowanie lub utrwalanie stanu faktycznego;
• zapewnić kontrolującym warunki do pracy.

Koszty tłumaczenia dokumentacji oraz przygotowania wymaganych elektronicznych struktur danych ponosi kontrolowany. Pracownicy i współpracownicy muszą natomiast udzielać wyjaśnień w zakresie wynikającym z wykonywanych przez nich czynności i zadań.

Obowiązek współpracy nie oznacza konieczności potwierdzania tez urzędu. Przedsiębiorca może wskazać, że nie zna odpowiedzi, potrzebuje czasu na sprawdzenie dokumentów albo nie posiada określonego materiału. Znacznie bezpieczniejsze jest takie stanowisko niż spontaniczne przypuszczenia przedstawione jako pewne fakty.

Bezzasadna odmowa przedstawienia dokumentów, ksiąg lub wyjaśnień może prowadzić do kary porządkowej. Postanowienie o jej nałożeniu można zaskarżyć.

Gdzie i jak długo może być prowadzona kontrola?

Czynności prowadzi się zasadniczo w siedzibie przedsiębiorcy, miejscu przechowywania dokumentacji albo innym miejscu związanym z działalnością, w godzinach jej prowadzenia. Za zgodą przedsiębiorcy część czynności może odbywać się w siedzibie urzędu albo zdalnie.

Od 2026 r. roczne limity czasu wszystkich kontroli jednego organu u przedsiębiorcy wynoszą:

• 6 dni roboczych dla mikroprzedsiębiorcy;
• 18 dni dla małego przedsiębiorcy;
• 24 dni dla średniego przedsiębiorcy;
• 48 dni dla pozostałych przedsiębiorców.

Od limitów istnieją jednak wyjątki, między innymi dotyczące kontroli zasadności zwrotu VAT albo czynności niezbędnych do zabezpieczenia dowodów przestępstwa skarbowego. Przedłużenie kontroli wymaga pisemnego uzasadnienia.

Niezależnie od limitów kontrola podatkowa powinna zostać zakończona bez zbędnej zwłoki, najpóźniej w terminie wskazanym w upoważnieniu. Jeżeli urząd nie zakończy jej w tym czasie, powinien zawiadomić przedsiębiorcę o przyczynie i wskazać nową datę. Dokumenty dotyczące czynności wykonanych po terminie nie stanowią dowodu, jeżeli organ wcześniej nie wyznaczył nowego terminu.

Czy można złożyć sprzeciw wobec kontroli?

Przedsiębiorca może wnieść sprzeciw, jeżeli organ narusza określone przepisy Prawa przedsiębiorców, między innymi dotyczące wszczęcia kontroli, obecności przedsiębiorcy, miejsca prowadzenia czynności, równoczesnych kontroli albo limitów ich czasu.

Sprzeciw składa się na piśmie w terminie trzech dni roboczych od wszczęcia kontroli albo od dnia powstania podstawy do jego wniesienia. Jednocześnie należy zawiadomić kontrolującego. Sprzeciw wymaga uzasadnienia i co do zasady wstrzymuje czynności kontrolne oraz bieg czasu kontroli.

Nie jest to jednak uniwersalny środek przeciwko każdemu żądaniu urzędu. Sprzeciw dotyczy konkretnych naruszeń wskazanych w Prawie przedsiębiorców i nie w każdej kontroli wywoła skutek wstrzymujący.

Dlatego przed jego złożeniem trzeba dokładnie ustalić:

• jaki przepis został naruszony;
• kiedy naruszenie nastąpiło;
• czy termin trzech dni jeszcze biegnie;
• czy dana kontrola nie podlega ustawowemu wyjątkowi.

Przedsiębiorca ma również obowiązek prowadzić i przechowywać książkę kontroli wraz z upoważnieniami oraz protokołami. Przy wszczęciu kontroli powinien ją niezwłocznie okazać kontrolującym.

Czy podczas kontroli można skorygować deklarację?

Prawo do skorygowania deklaracji ulega zawieszeniu na czas trwania kontroli podatkowej w zakresie nią objętym. Korekta złożona w tym czasie nie wywołuje skutków prawnych. Uprawnienie powraca po zakończeniu kontroli.

Kontrola kończy się z dniem doręczenia protokołu. Jeżeli przedsiębiorca nie zgadza się z jego ustaleniami, ma 14 dni na złożenie zastrzeżeń lub wyjaśnień wraz z odpowiednimi wnioskami dowodowymi. Organ powinien rozpatrzyć zastrzeżenia i odpowiedzieć na nie w ciągu kolejnych 14 dni.

Prawidłowa strategia w trakcie kontroli nie polega ani na blokowaniu każdego działania urzędu, ani na bezrefleksyjnym przekazywaniu wszystkich danych. Firma powinna współpracować w granicach prawa, kontrolować zakres żądań i na bieżąco budować własną dokumentację przebiegu kontroli. Dzięki temu po otrzymaniu protokołu może odnieść się do konkretnych dowodów i ustaleń, zamiast dopiero wtedy odtwarzać przebieg całej sprawy.

Treść ma charakter informacyjny i nie stanowi porady prawnej w indywidualnej sprawie.