Kontrola podatkowa w e-commerce — co sprawdza urząd i jak się przygotować?

Krótka odpowiedź: kontrola podatkowa w e-commerce polega przede wszystkim na porównaniu danych ze sklepu, platform sprzedażowych, operatorów płatności, firm kurierskich, KSeF, JPK i rachunków bankowych. Największe ryzyko powstaje wtedy, gdy liczba zamówień i otrzymanych płatności nie odpowiada sprzedaży wykazanej w księgach albo firma błędnie rozlicza zagraniczny VAT, zwroty i sprzedaż przez marketplace.

Stan prawny: lipiec 2026 r.

Jak urząd ustala rzeczywistą sprzedaż sklepu internetowego?

W e-commerce urząd nie musi opierać się wyłącznie na fakturach i ewidencji przedstawionej przez przedsiębiorcę. Może porównać sprzedaż wykazaną w księgach z danymi pochodzącymi z wielu niezależnych źródeł.

Najczęściej analizowane są:

• zamówienia z systemu sklepu;
• raporty z Allegro, Amazon, eBay lub innych platform;
• płatności kartami, BLIK-iem i szybkimi przelewami;
• przelewy od operatorów płatności;
• przesyłki pobraniowe rozliczane przez kurierów;
• faktury w KSeF;
• paragony i raporty z kasy fiskalnej;
• pliki JPK;
• zwroty środków klientom;
• wyciągi bankowe.

Przykład: sklep wykazuje w danym miesiącu 800 transakcji, ale operator płatności rozliczył 940 zamówień, a firma kurierska przekazała środki za kolejne 70 przesyłek pobraniowych. Różnica może wynikać z anulowanych zamówień, zwrotów albo przesunięcia dat rozliczeń. Jeżeli przedsiębiorca nie potrafi jednak przedstawić uzgodnienia, urząd może podejrzewać niewykazaną sprzedaż.

Dodatkowym źródłem informacji są raporty przekazywane przez operatorów platform na podstawie regulacji DAC7. Platformy gromadzą i raportują dane o określonych sprzedawcach oraz przeprowadzonych za ich pośrednictwem transakcjach. Dane te mogą być następnie wymieniane pomiędzy administracjami podatkowymi państw UE.

Sprzedaż przez marketplace nie zawsze rozlicza platforma

Przedsiębiorca powinien dokładnie ustalić rolę platformy. Marketplace może jedynie pośredniczyć w sprzedaży, pobierać płatność i prowizję albo — w określonych modelach — zostać uznany dla celów VAT za podmiot uczestniczący w dostawie.

Nie można zakładać, że skoro platforma pobrała pieniądze od klienta, to automatycznie rozliczyła również cały podatek sprzedawcy.

Dla każdej platformy warto ustalić:

1. kto formalnie sprzedaje towar konsumentowi
2. kto wystawia dokument sprzedaży
3. kto ustala stawkę VAT
4. czy platforma potrąca prowizję i inne opłaty
5. w jakim kraju znajduje się magazyn
6. kto organizuje transport
7. czy platforma odpowiada za rozliczenie VAT w konkretnym modelu.

Raporty wypłat z marketplace zwykle pokazują kwotę netto przekazaną sprzedawcy po potrąceniu prowizji, opłat reklamowych, kosztów wysyłki i zwrotów. Przychodu nie można więc ustalać wyłącznie na podstawie przelewu otrzymanego od platformy.

Przykład: platforma pobrała od klientów 200 000 zł, potrąciła 24 000 zł prowizji i przekazała sprzedawcy 176 000 zł. Co do zasady kwotą sprzedaży nie jest wyłącznie otrzymany przelew. Prowizję trzeba rozliczyć oddzielnie jako koszt na podstawie odpowiedniego dokumentu.

Sprzedaż konsumentom w UE — kiedy potrzebny jest OSS?

Przy wysyłce towarów z Polski do konsumentów w innych państwach UE trzeba kontrolować limit sprzedaży transgranicznej. Unijny próg wynosi łącznie 10 000 euro dla wewnątrzwspólnotowej sprzedaży towarów na odległość oraz określonych usług telekomunikacyjnych, nadawczych i elektronicznych.

Po przekroczeniu progu VAT jest zasadniczo rozliczany według zasad państwa konsumenta. Sprzedawca może rejestrować się w poszczególnych krajach albo skorzystać z procedury OSS i rozliczać zagraniczny VAT za pośrednictwem jednego państwa członkowskiego.

Próg 10 000 euro nie jest odrębnym limitem dla każdego kraju. Obejmuje łącznie kwalifikowaną sprzedaż do konsumentów we wszystkich pozostałych państwach UE.

Podczas kontroli urząd może sprawdzić:

• państwo wysyłki i dostawy towaru;
• adres konsumenta;
• zastosowaną stawkę VAT;
• datę przekroczenia limitu;
• deklaracje OSS;
• kursy walut;
• zwroty i korekty przypisane do poszczególnych krajów.

Przedsiębiorca korzystający z magazynów zagranicznych, na przykład w modelu fulfilment, powinien dodatkowo ustalić, czy samo przemieszczenie towaru do magazynu nie powoduje obowiązków rejestracyjnych w innym państwie. OSS nie rozwiązuje automatycznie wszystkich obowiązków związanych z lokalnym magazynowaniem towarów.

Import, dropshipping i procedura IOSS

W dropshippingu trzeba ustalić rzeczywisty model transakcji. Znaczenie ma to, kto kupuje towar od dostawcy, kto jest importerem, kto ponosi odpowiedzialność wobec klienta oraz czy przedsiębiorca sprzedaje towar we własnym imieniu, czy świadczy jedynie usługę pośrednictwa.

Przy sprzedaży na odległość towarów importowanych spoza UE możliwe jest korzystanie z procedury IOSS. Dotyczy ona przesyłek o rzeczywistej wartości nieprzekraczającej 150 euro. Pozwala rozliczać VAT przy sprzedaży i ograniczyć sytuacje, w których konsument musi zapłacić podatek przy odbiorze przesyłki.

Ryzyko kontroli wzrasta, gdy:

• sprzedawca nie potrafi wskazać importera;
• deklarowana wartość przesyłek jest zaniżana;
• zamówienia są sztucznie dzielone;
• dokumenty celne wskazują innego sprzedawcę;
• regulamin sklepu nie odpowiada faktycznemu modelowi;
• klient płaci sprzedawcy, ale fakturę wystawia zagraniczny dostawca.

Nazwa „dropshipping” nie przesądza o sposobie opodatkowania. Urząd będzie oceniał rzeczywiste prawa i obowiązki stron, przepływ pieniędzy oraz towaru.

Kasa fiskalna, faktury B2C i KSeF w 2026 r.

Sprzedaż wysyłkowa na rzecz konsumentów może korzystać ze zwolnienia z kasy fiskalnej, jeżeli spełnione są wszystkie warunki przewidziane w rozporządzeniu, w szczególności zapłata trafia w całości za pośrednictwem rachunku, a z ewidencji jednoznacznie wynika, jakiej transakcji i którego nabywcy dotyczyła. Zwolnienia dla określonych czynności obowiązują obecnie nie dłużej niż do 31 grudnia 2027 r.

Nie wszystkie towary mogą jednak korzystać z tego zwolnienia. Przedsiębiorca powinien więc sprawdzić rodzaj sprzedawanego asortymentu, a nie tylko sposób otrzymania płatności.

W 2026 r. faktury wystawiane konsumentom nie są objęte obowiązkowym KSeF. Mogą być w nim wystawiane dobrowolnie. Paragony również nie są dokumentami wystawianymi przez KSeF.

Dla sprzedaży B2B obowiązek wystawiania faktur w KSeF rozpoczął się etapowo: od 1 lutego 2026 r. dla największych przedsiębiorców i od 1 kwietnia 2026 r. dla pozostałych. Do końca 2026 r. działa czasowe ułatwienie dla najmniejszych podatników, których miesięczna sprzedaż dokumentowana fakturami nie przekracza 10 000 zł brutto.

Zwroty, reklamacje i rabaty muszą zgadzać się z płatnościami

W sklepach internetowych duża liczba zwrotów jest naturalna, ale wymaga spójnej dokumentacji. Nie wystarczy usunąć zamówienia z systemu albo zmienić jego status na „zwrócone”.

Dla każdej korekty powinno być możliwe ustalenie:

• numeru pierwotnego zamówienia;
• dokumentu sprzedaży;
• daty zwrotu towaru;
• daty zwrotu pieniędzy;
• wartości korekty;
• przyjęcia towaru do magazynu;
• sposobu ujęcia w JPK, OSS i księgach.

Szczególne problemy powstają, gdy platforma rozlicza zwrot w innym miesiącu niż sklep, operator płatności zwraca klientowi tylko część kwoty albo towar nie wraca fizycznie do magazynu.

Przed kontrolą warto przygotować miesięczne uzgodnienie pokazujące drogę od liczby zamówień, przez płatności i wysyłki, aż do sprzedaży wykazanej podatkowo.

Najlepszym zabezpieczeniem sklepu internetowego jest możliwość połączenia każdej transakcji z klientem, płatnością, przesyłką, dokumentem sprzedaży i ewentualnym zwrotem. W e-commerce urząd zwykle nie szuka jednego brakującego paragonu — szuka różnic pomiędzy systemami, które według przedsiębiorcy opisują tę samą sprzedaż.

Treść ma charakter informacyjny i nie stanowi porady prawnej w indywidualnej sprawie.