Kontrola celno-skarbowa VAT — największe ryzyka dla firmy

Krótka odpowiedź: kontrola celno-skarbowa VAT koncentruje się zwykle na transakcjach, które według danych KAS mogą wskazywać na nieprawidłowe odliczenie, fikcyjny obrót, nienależny zwrot albo udział w łańcuchu oszustwa. Największym błędem firmy jest ograniczenie obrony do faktur i potwierdzeń przelewów. Trzeba wykazać rzeczywisty przebieg transakcji, sposób weryfikacji kontrahenta oraz zgodność faktur z JPK, KSeF, płatnościami, transportem i dokumentacją magazynową.

Stan prawny: lipiec 2026 r.

Dlaczego kontrola celno-skarbowa VAT wymaga szybkiej reakcji?

Kontrolę celno-skarbową prowadzi naczelnik urzędu celno-skarbowego. W odróżnieniu od zwykłej kontroli podatkowej przedsiębiorca zasadniczo nie otrzymuje wcześniej zawiadomienia dającego kilka dni na przygotowanie. Kontrola rozpoczyna się najczęściej wraz z doręczeniem upoważnienia.

Od tego momentu biegnie ważny termin. Kontrolowany ma 14 dni na złożenie deklaracji albo korekty deklaracji w zakresie objętym kontrolą. Po upływie tego terminu możliwość skutecznego korygowania rozliczenia w trakcie kontroli zostaje ograniczona.

Nie oznacza to, że należy od razu skorygować VAT zgodnie z przypuszczeniami urzędu. Najpierw trzeba ustalić:

• które okresy i transakcje objęto kontrolą;
• jakie dokumenty posiada już organ;
• czy problem dotyczy formalnego błędu, czy rzeczywistości transakcji;
• jaka jest potencjalna kwota zaległości;
• czy sprawa może mieć konsekwencje karne skarbowe.

Kontrola powinna zostać zakończona bez zbędnej zwłoki, zasadniczo w ciągu trzech miesięcy. Termin może jednak zostać przedłużony, jeżeli organ pisemnie poda przyczynę i wyznaczy nową datę.

Największe ryzyko: faktura nie potwierdza rzeczywistej transakcji

Podstawowym obszarem sporu jest realność dostawy albo usługi. Sama faktura nie tworzy prawa do odliczenia VAT, jeżeli czynność nie została wykonana, wykonano ją tylko częściowo albo rzeczywisty przebieg zdarzeń różnił się od opisu na fakturze.

Przy usługach urząd może sprawdzać:

• kto rzeczywiście wykonywał prace;
• kiedy i gdzie były realizowane;
• jaki powstał rezultat;
• kto odebrał usługę;
• w jaki sposób firma wykorzystała jej efekty.

Przykład: spółka odliczyła 92 000 zł VAT od usług informatycznych. Posiada fakturę, umowę i przelew, ale nie ma dokumentacji wdrożenia, korespondencji, dostępu do kodu ani pracownika, który potrafiłby opisać wykonane prace. Formalne dokumenty mogą wtedy nie wystarczyć do obrony odliczenia.

Przy dostawach towarów znaczenie mają dokumenty magazynowe, przewozowe, potwierdzenia odbioru, numery seryjne, dane wagowe oraz późniejsze wykorzystanie lub sprzedaż towaru.

Jeżeli fakturę wystawiono mimo braku rzeczywistej transakcji, jej wystawca może być zobowiązany do zapłaty wykazanego podatku. KSeF nie usuwa tego ryzyka — ułatwia natomiast organom identyfikację faktur i osób korzystających z systemu.

Należyta staranność i udział w łańcuchu oszustwa VAT

Drugi istotny obszar to sytuacja, w której towar lub usługa rzeczywiście istniały, ale w łańcuchu dostaw jeden z podmiotów nie rozliczył podatku.

Prawo do odliczenia nie powinno być odbierane wyłącznie dlatego, że nieprawidłowości dopuścił się kontrahent albo wcześniejszy dostawca. Organ może jednak badać, czy przedsiębiorca wiedział lub powinien był wiedzieć, że transakcja wiąże się z oszustwem.

Weryfikacja kontrahenta nie może ograniczać się do jednorazowego wydruku z KRS. Należy zwrócić uwagę także na warunki transakcji, szczególnie gdy:

• cena znacząco odbiega od rynkowej;
• nowy dostawca od razu proponuje bardzo wysoki obrót;
• płatność ma trafić na rachunek osoby trzeciej;
• przedsiębiorca nie ma kontaktu z osobą reprezentującą kontrahenta;
• dostawca nie posiada widocznego zaplecza do realizacji zamówienia;
• nabywca i dalszy odbiorca zostali wskazani przez tę samą osobę;
• firma ma osiągnąć zysk bez ponoszenia realnego ryzyka gospodarczego.

Metodyka Ministerstwa Finansów dotycząca należytej staranności nie jest ustawą ani automatyczną gwarancją zachowania odliczenia. Stanowi jednak ważny punkt odniesienia dla oceny działań przedsiębiorcy. Podjęcie wskazanych w niej czynności zwiększa możliwość wykazania, że firma rozsądnie zweryfikowała transakcję.

WDT, eksport i transport towarów

Kontrola celno-skarbowa VAT często dotyczy również transakcji objętych stawką 0%, zwłaszcza wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów.

Problem pojawia się, gdy firma posiada fakturę i numer VAT UE kontrahenta, ale nie potrafi wiarygodnie wykazać, że towar rzeczywiście opuścił Polskę i dotarł do odbiorcy w innym państwie.

Organ może analizować:

• dokumenty CMR i dane przewoźnika;
• miejsce załadunku i rozładunku;
• numery rejestracyjne pojazdów;
• potwierdzenia przyjęcia towaru;
• płatności i korespondencję z nabywcą;
• dane magazynowe;
• dalszy obrót towarem.

Przykład: spółka wykazała WDT o wartości 1,5 mln zł. Dysponuje skanami dokumentów CMR, ale przewoźnik zaprzecza wykonaniu części transportów, a dokumenty nie zawierają potwierdzenia odbioru. Ryzyko nie ogranicza się wtedy do błędu formalnego. Organ może kwestionować samo przemieszczenie towaru.

Podobnej analizy wymagają eksport, transakcje łańcuchowe, sprzedaż z montażem oraz dostawy, w których transport organizuje inny podmiot niż sprzedawca. Firma powinna potrafić wyjaśnić, kto odpowiadał za przewóz i do której dostawy należy go przypisać.

JPK i KSeF ujawniają niespójności szybciej niż dokument papierowy

W 2026 r. organy mogą porównywać dane z JPK, KSeF, deklaracji, rachunków bankowych i dokumentów kontrahentów. Rozbieżność nie zawsze oznacza oszustwo, ale zwykle wymaga szybkiego wyjaśnienia.

Ryzyko mogą powodować między innymi:

• faktury ujęte dwukrotnie;
• różne daty sprzedaży w KSeF i JPK;
• brak korekty po anulowaniu lub zmianie transakcji;
• rozbieżności między fakturą a ewidencją magazynową;
• błędne oznaczenia procedur;
• odliczenie na podstawie dokumentu, który nie jest fakturą.

Od 1 lutego 2026 r. odbieranie faktur przez KSeF jest zasadniczo obowiązkowe. Obowiązek ich wystawiania rozpoczął się etapowo: od 1 lutego 2026 r. dla największych podmiotów i od 1 kwietnia 2026 r. dla pozostałych, z przejściowym wyjątkiem dla podatników, których miesięczna sprzedaż dokumentowana fakturami nie przekracza 10 000 zł brutto.

Faktura wystawiona poza KSeF wbrew obowiązkowi sprzedawcy nie pozbawia jednak nabywcy automatycznie prawa do odliczenia. Nadal trzeba wykazać spełnienie materialnych warunków odliczenia. W lipcu 2026 r. nie obowiązują jeszcze kary pieniężne za samo wystawienie faktury poza KSeF — mają być stosowane od 2027 r.

Zwrot VAT może zostać zatrzymany na czas weryfikacji

Podwyższony zwrot VAT, gwałtowna zmiana struktury zakupów albo zwrot wynikający z kilku dużych transakcji może zwiększyć prawdopodobieństwo dokładnej weryfikacji.

Firma powinna być gotowa wykazać:

• źródło finansowania zakupów;
• związek wydatków z działalnością opodatkowaną;
• rzeczywiste wykonanie transakcji;
• przyczynę powstania nadwyżki podatku;
• zgodność dokumentów z JPK i KSeF.

Przedłużenie zwrotu może powodować poważne problemy z płynnością. Dlatego dokumentacja największych zakupów powinna być przygotowana już przed złożeniem deklaracji ze zwrotem, a nie dopiero po otrzymaniu wezwania.

Jeżeli firma nie poprawi wskazanych błędów uniemożliwiających weryfikację ewidencji JPK_VAT, organ może również zastosować karę pieniężną przewidzianą za każdy nieusunięty błąd.

Jak reagować po wszczęciu kontroli celno-skarbowej VAT?

W pierwszych dniach należy przygotować tabelę wszystkich transakcji objętych kontrolą. Dla każdej faktury warto wskazać umowę, płatność, dowód wykonania, transport, osobę odpowiedzialną i sposób wykorzystania zakupu.

Następnie trzeba:

1. pobrać faktury bezpośrednio z KSeF
2. porównać je z JPK i księgami
3. zabezpieczyć korespondencję oraz dane systemowe
4. sprawdzić historię weryfikacji kontrahentów
5. ustalić potencjalną zaległość i odsetki
6. ocenić możliwość korekty w terminie 14 dni
7. przygotować osoby, które mogą zostać przesłuchane.

Po zakończeniu kontroli organ doręcza wynik. Kontrolowany ma kolejne 14 dni na złożenie deklaracji lub korekty, jeżeli zgadza się z ustaleniami w całości albo w części. Brak korekty może prowadzić do przekształcenia kontroli w postępowanie podatkowe i wydania decyzji.

Największe ryzyko kontroli celno-skarbowej VAT nie wynika z pojedynczego braku formalnego. Powstaje wtedy, gdy faktury, JPK, KSeF, przepływy finansowe i rzeczywisty przebieg transakcji tworzą różne wersje tego samego zdarzenia.

Treść ma charakter informacyjny i nie stanowi porady prawnej w indywidualnej sprawie.