Kontrola celno-skarbowa — czym różni się od podatkowej i jak reagować?
Krótka odpowiedź: kontrola celno-skarbowa jest zwykle wszczynana bez wcześniejszego zawiadomienia i daje organowi szersze możliwości działania niż klasyczna kontrola podatkowa. Po doręczeniu upoważnienia firma ma 14 dni na złożenie deklaracji lub korekty w zakresie objętym kontrolą, ale decyzji tej nie należy podejmować bez sprawdzenia dokumentów, kwot i możliwych konsekwencji.
Stan prawny: lipiec 2026 r.
Czym jest kontrola celno-skarbowa?
Kontrolę celno-skarbową prowadzi naczelnik urzędu celno-skarbowego. W sprawach podatkowych służy ona przede wszystkim weryfikacji rozliczeń, w których organ dostrzega podwyższone ryzyko nieprawidłowości.
Może dotyczyć między innymi:
- podatku VAT i prawa do odliczenia
- podatku CIT oraz kosztów podatkowych
- transakcji z podmiotami powiązanymi
- podatku u źródła
- akcyzy
- importu i obrotu towarami
- nierzetelnych albo tzw. pustych faktur
- niezadeklarowanych przychodów.
Nie oznacza to, że każda kontrola celno-skarbowa kończy się stwierdzeniem zaległości. Trzeba jednak przyjąć, że jej wszczęcie zazwyczaj poprzedza analiza danych posiadanych przez KAS, takich jak JPK, deklaracje podatkowe, informacje od kontrahentów, banków i innych organów.
Naczelnik urzędu celno-skarbowego może prowadzić kontrolę na całym terytorium Polski. Firma z Katowic może więc zostać objęta kontrolą prowadzoną przez urząd celno-skarbowy z innego województwa. (ELI)
Kontrola podatkowa a kontrola celno-skarbowa — najważniejsze różnice
Przed kontrolą podatkową przedsiębiorca najczęściej otrzymuje zawiadomienie i ma co najmniej siedem dni na przygotowanie. Przy kontroli celno-skarbowej takiego etapu co do zasady nie ma.
Kontrola rozpoczyna się w dniu doręczenia upoważnienia. Gdy zachodzi potrzeba niezwłocznego działania, może zostać wszczęta po okazaniu legitymacji służbowej, a upoważnienie jest doręczane później. W spółce dokument może odebrać członek zarządu, osoba uprawniona do reprezentacji, prowadzenia spraw albo odbioru korespondencji.
Do kontroli celno-skarbowej nie stosuje się rozdziału Prawa przedsiębiorców regulującego ograniczenia kontroli działalności gospodarczej. Przedsiębiorca nie powinien zatem zakładać, że może powołać się na wszystkie limity czasu kontroli, zakaz jednoczesnych kontroli czy sprzeciw znany z kontroli prowadzonej według zasad Prawa przedsiębiorców. (ELI)
Istotna jest też forma zakończenia procedury. Klasyczna kontrola podatkowa kończy się protokołem, do którego można zgłosić zastrzeżenia. Kontrola celno-skarbowa dotycząca rozliczeń podatkowych kończy się co do zasady wynikiem kontroli. Ustawa nie przewiduje odrębnego, analogicznego trybu składania zastrzeżeń do tego wyniku.
Co zrobić bezpośrednio po wszczęciu kontroli?
Pierwszego dnia należy przede wszystkim spokojnie ustalić zakres kontroli. Upoważnienie powinno wskazywać kontrolowany podmiot, osoby prowadzące czynności, przedmiot kontroli oraz przewidywany termin jej zakończenia.
Następnie warto:
- wyznaczyć jedną osobę koordynującą kontakty z organem
- niezwłocznie powiadomić zarząd, główną księgową i biuro rachunkowe
- ustanowić pełnomocnika, jeżeli zakres lub kwoty są istotne
- zabezpieczyć dokumenty i dane elektroniczne
- przygotować rejestr wszystkich żądań oraz materiałów przekazanych kontrolującym
- sprawdzić, czy zakres podejmowanych czynności odpowiada upoważnieniu.
Nie należy polegać wyłącznie na dokumentacji księgowej. Przy kontroli kosztów usług doradczych faktura, umowa i przelew mogą nie wystarczyć. Potrzebne mogą być raporty, korespondencja, prezentacje, protokoły odbioru oraz dowody wykorzystania rezultatów usługi w działalności spółki.
Przykład: spółka zaliczyła do kosztów 400 000 zł wynagrodzenia za opracowanie strategii sprzedaży. Organ może zapytać nie tylko o fakturę, lecz także o to, kto wykonywał prace, jaki był ich rezultat i jak strategię wdrożono.
Jakie uprawnienia ma urząd celno-skarbowy?
Kontrolujący mogą żądać akt, ksiąg, ewidencji, dokumentów źródłowych oraz danych elektronicznych związanych z przedmiotem kontroli. Mogą także przeprowadzać oględziny, przesłuchiwać świadków, żądać wyjaśnień, zabezpieczać dowody i wykonywać kopie danych.
Przepisy pozwalają również na wstęp do budynków i pomieszczeń kontrolowanego, a w określonych warunkach na przeszukanie lokali, również mieszkalnych. Przeszukanie nie jest jednak zwykłą metodą odbierania dokumentów księgowych i podlega dodatkowym zasadom proceduralnym. (ELI)
Szerokie uprawnienia organu nie oznaczają, że firma powinna przekazywać wszystkie posiadane dane bez sprawdzenia zakresu żądania. Każde wezwanie należy przeanalizować pod kątem:
- związku dokumentu z przedmiotem kontroli
- okresu, którego dotyczy
- formy i terminu przekazania
- tajemnicy zawodowej lub prawnie chronionej
- danych osób i transakcji niezwiązanych ze sprawą.
Wszystko, co trafia do urzędu, powinno zostać skopiowane i opisane. Przekazywanie przypadkowych folderów albo całych skrzynek pocztowych bez ewidencji szybko prowadzi do utraty kontroli nad materiałem dowodowym.
Korekta w ciągu 14 dni od wszczęcia kontroli
Od 1 października 2025 r. kontrolowany ma prawo w ciągu 14 dni od doręczenia upoważnienia złożyć nie tylko korektę, lecz także wcześniej niezłożoną deklarację w zakresie objętym kontrolą.
Deklaracja lub korekta złożona po upływie tego terminu, ale przed zakończeniem kontroli, nie wywołuje skutków prawnych. (ELI)
Nie oznacza to, że każda firma powinna automatycznie skorygować rozliczenie. W pierwszej kolejności trzeba ustalić:
- czy doszło do błędu
- jakiej kwoty i okresu dotyczy
- czy problem obejmuje również inne deklaracje
- czy korekta powoduje zaległość i odsetki
- czy może mieć znaczenie dla odpowiedzialności karnej skarbowej
- czy organ kwestionuje samą transakcję, czy wyłącznie sposób jej ujęcia.
Przykładowo wezwanie dotyczące odliczenia 120 000 zł VAT może ujawnić zwykłe przesunięcie rozliczenia między miesiącami. Może jednak dotyczyć również rzeczywistego wykonania dostawy. Te sytuacje wymagają zupełnie innej reakcji.
Korekta powinna być wynikiem świadomej analizy, a nie próbą szybkiego zamknięcia sprawy.
Ile może trwać kontrola celno-skarbowa?
Kontrola celno-skarbowa powinna zakończyć się bez zbędnej zwłoki, zasadniczo nie później niż w ciągu trzech miesięcy od jej wszczęcia.
Termin ten nie jest jednak bezwzględną datą końcową. Organ może przedłużyć kontrolę, ale powinien zawiadomić firmę, wyjaśnić przyczynę opóźnienia i wskazać nowy termin zakończenia. (ELI)
Przedłużenie kontroli warto analizować, zwłaszcza gdy zawiadomienia są powtarzalne, zawierają ogólne uzasadnienie albo następują już po upływie wcześniej wskazanego terminu.
Firma powinna przez cały okres kontroli prowadzić własną chronologię czynności: daty wezwań, odpowiedzi, przesłuchań, przekazania dokumentów i zmian terminu zakończenia.
Wynik kontroli celno-skarbowej — korekta czy dalsze postępowanie?
Doręczenie wyniku kończy kontrolę celno-skarbową. Dokument wskazuje, czy urząd stwierdził nieprawidłowości, oraz opisuje ich zakres.
Od dnia doręczenia wyniku biegnie kolejny termin 14 dni. W tym czasie kontrolowany może złożyć deklarację lub korektę, jeżeli zgadza się w całości albo tylko w części z ustaleniami organu. (ELI)
Przykład: urząd zarzuca spółce zawyżenie kosztów o 600 000 zł. Spółka uznaje nieprawidłowość w kwocie 80 000 zł, lecz ma dowody potwierdzające pozostałe wydatki. Może zaakceptować część ustaleń, a pozostałą część pozostawić do rozstrzygnięcia w postępowaniu podatkowym.
Jeżeli firma nie złoży deklaracji lub korekty albo organ jej nie uwzględni, kontrola przekształca się w postępowanie podatkowe. Do takiego przekształcenia może dojść również po częściowym zaakceptowaniu wyniku oraz w niektórych sprawach VAT, w których pozostaje do rozstrzygnięcia dodatkowe zobowiązanie podatkowe albo kwota wynikająca z wystawionej faktury. (ELI)
Dopiero w postępowaniu podatkowym wydawana jest decyzja, od której przysługuje odwołanie. Dlatego brak korekty nie jest równoznaczny z przegraną — oznacza, że sporne ustalenia będą dalej oceniane w formalnym postępowaniu dowodowym.
Kiedy potrzebny jest pełnomocnik?
Pomoc adwokata lub doradcy podatkowego warto rozważyć od początku, gdy kontrola dotyczy wysokich kwot, kilku okresów rozliczeniowych, odliczenia VAT, transakcji zagranicznych, usług niematerialnych albo rozliczeń z podmiotami powiązanymi.
Szczególnej uwagi wymagają sytuacje, w których urząd:
- zabezpiecza dokumenty lub sprzęt
- pyta o odpowiedzialność konkretnych członków zarządu
- przesłuchuje pracowników i kontrahentów
- kwestionuje rzeczywiste wykonanie transakcji
- wskazuje na nierzetelne faktury
- analizuje sprawę również pod kątem Kodeksu karnego skarbowego.
Kontrola celno-skarbowa wymaga szybkiej reakcji, ale nie pochopnych decyzji. Najważniejsze jest ustalenie faktów, zebranie dowodów oraz przyjęcie jednolitego sposobu komunikowania stanowiska firmy.
Treść ma charakter informacyjny i nie stanowi porady prawnej w indywidualnej sprawie.